Sau 10 năm kể từ những sự kiện trong series Nanoha As, Nanoha, Fate và Hayate đã trở thành những trụ cột của Cục quản lý Không gian và Thời gian. Vai trò của họ không chỉ là bảo vệ hòa bình mà còn là người hướng dẫn cho thế hệ pháp sư trẻ, bao gồm Subaru, Tiana, Caro và Erio. Dù vậy, cuộc chiến chưa dừng lại khi họ phải đối mặt với kẻ thù từ Project F, chương trình mà mẹ của Fate đã từng tham gia. Sự biến chất của kẻ thù này đem đến những thách thức mới, đẩy các pháp sư tài năng vào cuộc chiến không chỉ để bảo vệ mà còn để tìm ra sự thật đằng sau mọi hiểm nguy. Liệu họ có thể vượt qua mọi thử thách và bảo vệ thế giới một lần nữa?