Naruto Shippūden: Nhiệm Vụ Bí Mật

Câu chuyện xoay quanh cuộc tấn công bất ngờ của nhóm ninja bí ẩn từ Land of the Sky vào làng Konoha, do bất lực của Konoha trong việc bảo vệ đất của Sky trong Chiến tranh thế giới thứ hai Shinobi. Sự xuất hiện của Sora-nin bay và sử dụng thiết bị Cơ Winged đã tạo nên một cảnh tượng hỗn loạn không lẽ ra được.Khi cậu bé Amaru đã đi xa để cầu cứu Konoha và tìm sensei của mình, ba ninja trẻ Naruto, Sakura và Hinata đã được gửi đi cùng Amaru và Shinno để hỗ trợ làng của Amaru. Điều này không chỉ là một nhiệm vụ để đánh bại nhóm ninja địch, mà còn là để chữa trị và bảo vệ những người dân bị thương tại làng của Amaru, tạo nên một thử thách không lớn không nhỏ cho nhóm ba ninja trẻ này.