Sau 400 năm, dịch bệnh đã thải loại đa số dân số trên hành tinh, chỉ một thành phố tồn tại với bức tường bao quanh vững chắc - Bregna. Thành phố này được cai trị bởi một đại hội các nhà khoa học thông thái, giữ cho xã hội hoạt động theo cách khác biệt. Æon Flux, cựu đặc vụ hàng đầu trong tổ chức ngầm "Monican", nhận nhiệm vụ ám sát một lãnh đạo chính phủ. Nhưng khi điều tra sâu hơn, cô phát hiện ra một thế giới bí ẩn, những bí mật chưa lộ ra và những âm mưu chưa được hé lộ.