Assassin's Creed mở ra một thế giới huyền bí, nơi cuộc chiến truyền kiếp giữa Hội Hiệp sĩ Thánh chiến và Hội Sát thủ vẫn cháy dậy. Hai tổ chức đối nghịch, mỗi cái đều sở hữu một triết lý sống và mục tiêu hoàn toàn trái ngược nhau. Hội Hiệp sĩ Thánh chiến, với sức mạnh và quyền lực, luôn mong muốn xây dựng một thế giới hoàn hảo, không kiếm lợi từ xung đột và bạo lực. Họ tìm kiếm Quả táo Vườn Địa Đàng – biểu tượng vững chắc cho quyền năng và thống trị đối với loài người. Trong khi đó, Hội Sát thủ giữ lấy nguyên tắc tự do và cân bằng, không chấp nhận sự dictator của Hội Hiệp sĩ. Hành động trong bóng tối nhưng vì ánh sáng, họ trở thành người bảo vệ tự do ý chí của con người, chống lại sự thống trị và ác quyền. Callum Lynch, một tù nhân bị Abstergo Industries đưa vào chương trình Animus, phát hiện ra bí mật về tổ tiên Aguilar de Nerha. Qua việc tái hiện ký ức của sát thủ huyền thoại, anh khám phá ra mối liên kết về Quả táo Vườn Địa Đàng và sứ mệnh của mình trong cuộc đối đầu giữa hai phe phái.