Khi Haibara vô tình nghe lén cuộc điện thoại của Tổ chức Áo Đen, cô nhận ra rằng một trong những địa điểm mà mình sẽ xuất hiện là buổi khai trương của tòa tháp đôi Tokyo - biểu tượng cao nhất của Nhật Bản. Đối thủ đã đặt bom tại đây không chỉ để loại bỏ Haibara mà còn để xóa sổ dữ liệu quan trọng của tập đoàn xây dựng tòa tháp. Khi tòa tháp đôi bị đánh bom và hàng loạt vụ nổ kinh hoàng xảy ra, Conan, Haibara và bạn bè của họ lúc này đã bị mắc kẹt bên trong, đối diện nguy cơ lớn bị phanh phui thân phận thật sự của họ. Trong cái chết đang đến gần, Conan đã nghĩ ra một kế hoạch táo bạo, một phương án cuối cùng để cứu sống mọi người. Với tất cả hy vọng đặt vào kế hoạch này, liệu Conan và nhóm sẽ đối mặt được với số phận không may mắn hay một cơ hội mới sẽ mở ra?